Herramienta de recuperaciA?n

La Unidad de MinerA�a de Textos en BiologA�a ha presentado en un artA�culo publicado en a�?Nucleic Acids Researcha�? la herramienta online LimTox, desarrollada en el Centro Nacional de Investigaciones OncolA?gicas (CNIO). El software incorpora la A?ltima tecnologA�a en minerA�a de textos, lenguaje y aprendizaje automA?tico para potenciar el motor de bA?squeda biomA�dico. LimTox permite la recuperaciA?n y clasificaciA?n de elementos quA�micos y biolA?gicos de interA�s, las interacciones entre ellos, la visualizaciA?n de las estructuras quA�micas de los compuestos detectados de forma automA?tica en los textos y la generaciA?n de redes de relaciA?n entre ellos.

La complejidad de los datos biomA�dicos requiere motores de bA?squeda sofisticados que estA�n especA�ficamente diseA�ados para proporcionar resultados que se ajusten a los tA�rminos de bA?squeda. AdemA?s, hay un interA�s creciente por herramientas que se integren de forma sencilla y que sean capaces de construir bases de conocimiento biolA?gico y de analizar datos experimentales. «El trabajo en minerA�a de datos asociados a genes ha avanzado considerablemente pero en el caso de los compuestos quA�micos, aA?n hay mucho por hacer», explica Martin Krallinger, jefe de la Unidad de MinerA�a de Textos en BiologA�a del CNIO y responsable del artA�culo. «LimTox supone una aportaciA?n importante en este campo», aA�ade.

La obtenciA?n de informaciA?n biolA?gica y quA�mica relevante que aparece tanto en la literatura cientA�fica como en los informes de las agencias regulatorias es crucial para el conocimiento cientA�fico y la toma de decisiones en A?reas como la quA�mica-biologA�a, desarrollo de fA?rmacos, toxicologA�a y farmacogenA�tica.

LimTox se centra en las reacciones adversas y la toxicidad de los compuestos quA�micos, con especial atenciA?n en el daA�o hepA?tico, incluyendo la alteraciA?n de la funciA?n hepA?tica y la hepatocarcinogA�nesis. TambiA�n permite el acceso sistemA?tico a informaciA?n relevante sobre otros efectos secundarios (nefrotoxicidad, cardiotoxicidad…), alteraciones de parA?metros bioquA�micos relacionados con la funciA?n del hA�gado y de enzimas clave del metabolismo de los fA?rmacos (citocromos P450 o CYPs).

«Entre todos los posibles efectos adversos de un fA?rmaco, la hepatotoxicidad representa uno de los mA?s relevantes, y puede condicionar crA�ticamente el desarrollo o la vida de un medicamento. Por ello el hA�gado es fundamental en los estudios de toxicologA�a, debido a su papel central en el metabolismo, excreciA?n y sA�ntesis bioquA�mica; ademA?s, los mecanismos por los que un fA?rmaco puede desencadenar toxicidad hepA?tica son diversos y complicados», explica Krallinger.

La herramienta online proporciona conocimiento estructurado extraA�do a partir de los abstracts y artA�culos completos de la biblioteca biomA�dica PubMed, los informes de la Agencia Europea del Medicamento (EMA, por sus siglas en inglA�s) y los informes de solicitud de nuevos fA?rmacos de la Agencia Estadounidense de Alimentos y Medicamentos (FDA, por sus siglas en inglA�s).

El servidor LimTox ayudarA? a que investigadores y clA�nicos encuentren de forma rA?pida y eficaz reacciones adversas a travA�s de sencillas bA?squedas por palabras clave o de consultas concretas sobre compuestos quA�micos o genes. La herramienta es gratuita y estA? disponible para cualquier usuario en: http://limtox.bioinfo.cnio.es/